故事发生在一间私立学园之中，长濑准一（羽多野涉 配音）是一个平凡的男生，一直以来，他都和妹妹凑（平野绫 配音）一起过着波澜不惊的平静生活。一次偶然中，准一遇见了一伙不良少年正在欺负一名陌生少女，看不下去的准一挺身而出救下了少女，却被不良少年道出了自己想要隐瞒的灰暗过去。让准一没有想到的是，被他所救的

“我毕业于东中，叫做凉宫春日。我对普通的人类没有兴趣。你们之中要是有外星人、未来人、异世界人或者超能力者的话，就尽管来找我吧。”这是凉宫春日的宣言，也是她对于平庸生活的挑战。 我们可能在很小时就不再相信圣诞老人的存在，也慢慢不会再对外星人，特异功能等等产生幻想。在生活的教化下习惯于平淡无奇的生活。可

拥有一头乌黑长发和白皙皮肤的高中女孩黑泽爽子（能登麻美子 配音），大概是过于内向不善交际的缘故，虽然她是如此善良且乐于助人，可是仍然被周围的同学认为过于阴郁，而刻意疏远躲避，甚至称之为“贞子”。即便如此，爽子也不愿争论和辩解，默默承受着这一切。然而独独有一个人主动接近了她，这就是爽子的同班同学——英